1章　環境微生物学の基礎 1
0．序　説 1
1．微生物の種類と生物界における位置 1
1･1　微生物の種類 1
1･2　細菌および古細菌 2
1･3　ウイルス（ファージ） 6
1･4　酵母およびカビ 9
1･5　微細藻類 12
1･6　藍藻と原核緑藻 16 　

2．環境微生物の性質 19
2･1　微生物の増殖 19
2･2　温　度 23
2･3　塩　分 28
2･4　酸　素31
2･5　pH 34
2･6　浸透圧 36
2･7　栄養と代謝39

2章　海洋の生物環境における微生物の役割 47 　
0．序　説 47 　
1．海洋の非生物的環境 47
1･1　光 47
1･2　温　度48
1･3　塩　分 48
1･4　圧　力 49 　
2．海洋の生物群集と生物生産 49
2･1　海洋の生物群集 49
2･2　海洋生態系における微細藻類の役割 50
2･3　海洋生態系における微生物（細菌とウイルス）の役割 　　　57 　
3．海洋における物質循環に関わる微生物 61
3･1　海洋の物質循環 61
3･2　炭素循環と微生物の代謝 63
3･3　窒素循環と微生物の代謝71
3･4　リン循環と微生物の代謝 80
3･5　硫黄循環と細菌の代謝 85

3章　特定環境における海洋微生物の役割 91 　
0．序　説 91 　
1．海洋熱水環境における超好熱菌の役割 91
1･1　海洋熱水環境 91
1･2　海底熱水孔における超好熱菌の多様性と役割 94
1･3　超好熱菌の全ゲノム解析と遺伝子資源の開発利用98 　

2．深海における好圧性微生物の役割 100
2･1　好圧性微生物の発見100
2･2　好圧性微生物の分子生物学的展開 101
2･3　Shewanella violaceaゲノム解析から見えてきた有用酵素 104
2･4　好圧性微生物による汚染除去の可能性105 　

3．外洋環境における低栄養細菌の特性と役割 106
3･1　外洋の有機物 106
3･2　浮遊生活と付着生活 106
3･3　低栄養細菌の少ないゲノムDNA 108
3･4　基質特異性が低く基質親和性の高い取り込み系 108 　

4．海洋におけるVBNC（生きているが培養できない） 細菌の存在 109
4･1　生菌数と総菌数の相違109
4･2　天然海水を通常の生息域とする海洋細菌 110
4･3　病原性海洋細菌の天然海水中におけるVBNC状態 112

4章　海の富栄養化の現状 114
0．序　説 114
1．有害・有毒赤潮と漁業被害 115
1･1　有害・有毒赤潮のタイプ 115
1･2　有害赤潮と漁業被害 116
1･3　有毒赤潮と漁業被害 121

2．貧酸素海域と漁業被害 126
2･1　なぜ貧酸素化するのか126
2･2　貧酸素化がもたらす悪影響 127
2･3　貧酸素化による漁業への影響 128

3．養魚場の自家汚染 130
3･1　自家汚染とは 130
3･2　有機物汚染132
3･3　抗生物質汚染133 　

4．磯焼けの現状 136
4･1　磯焼けの定義 136
4･2　藻場の生産力 136
4･3　磯焼けの発生海域 136
4･4　磯焼けの発生原因 137
4･5　富栄養化との関係 138
4･6　磯焼け対策 138 　

5．サンゴ礁の破壊 139
5･1　造礁サンゴの周辺環境139
5･2　造礁サンゴの形態139
5･3　造礁サンゴに共生する褐虫藻140
5･4　造礁サンゴの増殖環境 141
5･5　褐虫藻の分類的位置 141
5･6　宿主による褐虫藻の選択性に関する実験 142
5･7　褐虫藻以外の共生藻の存在 143
5･8　サンゴ礁の石灰化と褐虫藻 143
5･9　造礁サンゴの白化現象 143 　

6．沿岸水域における衛生細菌の生態−腸炎ビブリオを中心に−145
6･1　腸炎ビブリオ食中毒 145
6･2　毒素遺伝子の水平伝播146
6･3　単一のクローンによる世界的流行147
6･4　遺伝子を用いた同定 147 　

7．養魚場における魚病細菌の生態と防除 148
7･1　魚類の病原菌 148
7･2　バイオコントロール法 150
7･3　プロバイオティックス 150

5章　人工有機化合物による海洋汚染の現状と水生生物への影響 152 　
0．序説 152 　
1．有機塩素化合物などの難分解性有機物による 汚染とその生態影響 153
1･1　有機塩素化合物153
1･2　水界の有機塩素化合物汚染 153
1･3　内湾のプランクトン中の有機塩素化合物 155
1･4　アジア，太平洋海域におけるムラサキイガイやカツオにおける有機塩素化合物の蓄積 156
1･5　海産哺乳類における有機塩素化合物の蓄積 158
1･6　内分泌攪乱物質（環境ホルモン） 160 　

2．重金属汚染とその被害 164
2･1　環境問題としての重金属164
2･2　海の重金属汚染 165 　

3．石油汚染の現状と被害 173
3･1　世界および日本における石油汚染 173
3･2　流出油の分散過程 176
3･3　流出油による被害と事故からの回復過程178

6章　海洋環境の保全のための微生物による環境修復 182
0．序　説 182
1．微生物による赤潮の除去 184
1･1　赤潮の除去 184
1･2　細菌による殺藻 185
1･3　赤潮藻に感染するウイルス190
1･4　珪藻類による赤潮制御 192 　

2．人工有機化合物の分解 194
2･1　人工有機化合物 194
2･2　有機リン化合物の分解 196
2･3　有機スズ化合物の分解 198