第 I 部　東京湾のすがた
第１章 　流 域
　1.1　東京湾の流域とは？
　1.2　人口，土地利用の変遷
　1.3　陸域水系の変化
　1.4　水循環と生活排水
　1.5　首都圏のゴミ問題と最終処分場−東京都の取り組みを中心に
　1.6　沿岸の埋立・干潟の消失や海岸部の立入禁止区域の拡大過程
　1.7　港湾開発の歴史，現在
　1.8　海底地形の変遷
　1.9　陸域気象に及ぼす海域の役割
第２章　海 域
　2.1 　東京湾の物理環境
　2.2 　東京湾の海洋環境
　2.3 　東京湾の生き物
　2.4 　東京湾の利用形態
　コラム：東京湾から消えたシラウオ
　コラム：東京湾におけるスナメリの生息状況
　コラム：東京湾の自然再生に向けた，市民レベルの活動
第３章　東京湾と人のかかわりの歴史
　3.1　 古東京湾の時代(約10万年以上前)
　3.2　 古東京湾川の時代(約10〜１万年前)
　3.3　 漁労・採集の時代(約１万〜1,000年前)
　3.4　 漁業・水運の時代(約1,000〜100年前)
　3.5　 埋立・開発の時代(約100〜10年前)
　3.6　 保全・再生の時代(約10年前から)

第 II 部　東京湾再生に向けて
第４章　再生の目標：自然の恵み豊かな東京湾
　4.1　 現状認識の共有
　4.2　 東京湾の再生目標と達成基準としての1955年頃
　4.3　 目標の段階：水質改善と湾形状修復
　4.4 　科学的合理性のある環境再生
第５章　対策
　5.1　東京湾再生の背景−生物多様性と私たちの生活
　5.2　東京湾再生の背景−自然の恵み：「食」の視点
　5.3　東京湾漁業の再生
　5.4　陸域での対策
　5.5　海域での対策
　5.6　 陸域生態系と海域生態系を結び直す
　5.7　 対策の相互作用と対立
　5.8　市民･行政･科学者による『東京湾･流域再生ネットワーク』
　5.9　 総合科学としての取り組み『中核的研究機関』
　補論1　内湾環境再生事業としての北九州市洞海湾での事例
　補論2　環境修復に関する行政の取り組み事例
第６章　人と自然のかかわりの再生
　6.1　日本社会の転換期
　6.2　東京湾と流域の統合的管理と『里山里海コンソーシアム』
　6.3　人と自然のかかわりの再生

第 III 部　付　録
第７章　研究者として東京湾再生に向けて望むこと
付表